silly
parent
2b1f1c92ab
commit
a5238bc798
|
@ -1,5 +1,5 @@
|
||||||
cmake_minimum_required(VERSION 3.25)
|
cmake_minimum_required(VERSION 3.25)
|
||||||
project(blt-gp VERSION 0.1.51)
|
project(blt-gp VERSION 0.1.52)
|
||||||
|
|
||||||
include(CTest)
|
include(CTest)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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@ -71,7 +71,7 @@ constexpr auto fitness_function = [](blt::gp::tree_t& current_tree, blt::gp::fit
|
||||||
constexpr double value_cutoff = 1.e15;
|
constexpr double value_cutoff = 1.e15;
|
||||||
for (auto& fitness_case : training_cases)
|
for (auto& fitness_case : training_cases)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
auto diff = std::abs(fitness_case.y - current_tree.get_evaluation_value<float>(&fitness_case));
|
auto diff = std::abs(fitness_case.y - current_tree.get_evaluation_value<float>(fitness_case));
|
||||||
if (diff < value_cutoff)
|
if (diff < value_cutoff)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
fitness.raw_fitness += diff;
|
fitness.raw_fitness += diff;
|
||||||
|
@ -92,8 +92,6 @@ float example_function(float x)
|
||||||
|
|
||||||
int main()
|
int main()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
test t;
|
|
||||||
|
|
||||||
BLT_INFO("Starting BLT-GP Symbolic Regression Example");
|
BLT_INFO("Starting BLT-GP Symbolic Regression Example");
|
||||||
BLT_START_INTERVAL("Symbolic Regression", "Main");
|
BLT_START_INTERVAL("Symbolic Regression", "Main");
|
||||||
BLT_DEBUG("Setup Fitness cases");
|
BLT_DEBUG("Setup Fitness cases");
|
||||||
|
|
|
@ -0,0 +1,129 @@
|
||||||
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#pragma once
|
||||||
|
/*
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||||||
|
* Copyright (C) 2024 Brett Terpstra
|
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|
*
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|
* This program is free software: you can redistribute it and/or modify
|
||||||
|
* it under the terms of the GNU General Public License as published by
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||||||
|
* the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
|
||||||
|
* (at your option) any later version.
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||||||
|
*
|
||||||
|
* This program is distributed in the hope that it will be useful,
|
||||||
|
* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
|
||||||
|
* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
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||||||
|
* GNU General Public License for more details.
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|
*
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|
* You should have received a copy of the GNU General Public License
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|
* along with this program. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
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*/
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|
#ifndef BLT_GP_ALLOCATOR_H
|
||||||
|
#define BLT_GP_ALLOCATOR_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include <blt/std/types.h>
|
||||||
|
#include <blt/gp/stats.h>
|
||||||
|
#include <cstdlib>
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace blt::gp
|
||||||
|
{
|
||||||
|
class aligned_allocator
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
void* allocate(blt::size_t bytes) // NOLINT
|
||||||
|
{
|
||||||
|
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
||||||
|
tracker.allocate(bytes);
|
||||||
|
// std::cout << "Hey our aligned allocator allocated " << bytes << " bytes!\n";
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
return std::aligned_alloc(8, bytes);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void deallocate(void* ptr, blt::size_t bytes) // NOLINT
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (ptr == nullptr)
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
||||||
|
tracker.deallocate(bytes);
|
||||||
|
// std::cout << "[Hey our aligned allocator deallocated " << bytes << " bytes!]\n";
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
(void) bytes;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
std::free(ptr);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class tracked_allocator_t
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
using value_type = T;
|
||||||
|
using reference = T&;
|
||||||
|
using const_reference = const T&;
|
||||||
|
using pointer = T*;
|
||||||
|
using const_pointer = const T*;
|
||||||
|
using void_pointer = void*;
|
||||||
|
using const_void_pointer = const void*;
|
||||||
|
using difference_type = blt::ptrdiff_t;
|
||||||
|
using size_type = blt::size_t;
|
||||||
|
template<class U>
|
||||||
|
struct rebind
|
||||||
|
{
|
||||||
|
typedef tracked_allocator_t<U> other;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
pointer allocate(size_type n)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
||||||
|
tracker.allocate(n * sizeof(T));
|
||||||
|
// std::cout << "Hey our tracked allocator allocated " << (n * sizeof(T)) << " bytes!\n";
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
return static_cast<pointer>(std::malloc(n * sizeof(T)));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pointer allocate(size_type n, const_void_pointer)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return allocate(n);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void deallocate(pointer p, size_type n)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
||||||
|
tracker.deallocate(n * sizeof(T));
|
||||||
|
// std::cout << "[Hey our tracked allocator deallocated " << (n * sizeof(T)) << " bytes!]\n";
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
(void) n;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
std::free(p);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class U, class... Args>
|
||||||
|
void construct(U* p, Args&& ... args)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
new(p) T(std::forward<Args>(args)...);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class U>
|
||||||
|
void destroy(U* p)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
p->~T();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
[[nodiscard]] size_type max_size() const noexcept
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return std::numeric_limits<size_type>::max();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T1, class T2>
|
||||||
|
inline static bool operator==(const tracked_allocator_t<T1>& lhs, const tracked_allocator_t<T2>& rhs) noexcept
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return &lhs == &rhs;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T1, class T2>
|
||||||
|
inline static bool operator!=(const tracked_allocator_t<T1>& lhs, const tracked_allocator_t<T2>& rhs) noexcept
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return &lhs != &rhs;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //BLT_GP_ALLOCATOR_H
|
|
@ -28,6 +28,7 @@
|
||||||
#include <mutex>
|
#include <mutex>
|
||||||
#include <atomic>
|
#include <atomic>
|
||||||
#include <blt/std/mmap.h>
|
#include <blt/std/mmap.h>
|
||||||
|
#include <blt/gp/allocator.h>
|
||||||
|
|
||||||
namespace blt::gp
|
namespace blt::gp
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
@ -55,6 +56,8 @@ namespace blt::gp
|
||||||
|
|
||||||
struct type_id;
|
struct type_id;
|
||||||
|
|
||||||
|
struct operator_info_t;
|
||||||
|
|
||||||
class type_provider;
|
class type_provider;
|
||||||
|
|
||||||
struct op_container_t;
|
struct op_container_t;
|
||||||
|
@ -90,259 +93,6 @@ namespace blt::gp
|
||||||
// using individual_vector_t = tracked_vector<individual_t, tracked_allocator_t<individual_t>>;
|
// using individual_vector_t = tracked_vector<individual_t, tracked_allocator_t<individual_t>>;
|
||||||
// using tree_vector_t = tracked_vector<tree_t>;
|
// using tree_vector_t = tracked_vector<tree_t>;
|
||||||
|
|
||||||
class aligned_allocator
|
|
||||||
{
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
void* allocate(blt::size_t bytes) // NOLINT
|
|
||||||
{
|
|
||||||
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
|
||||||
tracker.allocate(bytes);
|
|
||||||
// std::cout << "Hey our aligned allocator allocated " << bytes << " bytes!\n";
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
return std::aligned_alloc(8, bytes);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void deallocate(void* ptr, blt::size_t bytes) // NOLINT
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (ptr == nullptr)
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
|
||||||
tracker.deallocate(bytes);
|
|
||||||
// std::cout << "[Hey our aligned allocator deallocated " << bytes << " bytes!]\n";
|
|
||||||
#else
|
|
||||||
(void) bytes;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
std::free(ptr);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
template<typename Alloc = blt::aligned_huge_allocator>
|
|
||||||
class variable_bump_allocator
|
|
||||||
{
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
explicit variable_bump_allocator(blt::size_t default_block_size = BLT_2MB_SIZE): default_block_size(default_block_size)
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
void* allocate(blt::size_t bytes)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
|
||||||
tracker.allocate(bytes);
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
std::scoped_lock lock(mutex);
|
|
||||||
if (head == nullptr || head->remaining_bytes_in_block() < static_cast<blt::ptrdiff_t>(bytes))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
push_block(bytes);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
auto ptr = head->metadata.offset;
|
|
||||||
head->metadata.offset += bytes;
|
|
||||||
++head->metadata.allocated_objects;
|
|
||||||
return ptr;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void deallocate(void* ptr, blt::size_t bytes)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (ptr == nullptr)
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
|
||||||
tracker.deallocate(bytes);
|
|
||||||
#else
|
|
||||||
(void) bytes;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
std::scoped_lock lock(mutex);
|
|
||||||
block_t* blk = to_block(ptr);
|
|
||||||
--blk->metadata.allocated_objects;
|
|
||||||
if (blk->metadata.allocated_objects == 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (blk->metadata.has_deallocated)
|
|
||||||
alloc.deallocate(blk, blk->metadata.size);
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (head == blk)
|
|
||||||
head = head->metadata.next;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
auto prev = head;
|
|
||||||
auto next = head->metadata.next;
|
|
||||||
while (next != blk)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
prev = next;
|
|
||||||
next = next->metadata.next;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
prev->metadata.next = next->metadata.next;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
deallocated_blocks.push_back(blk);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
~variable_bump_allocator()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
std::scoped_lock lock(mutex);
|
|
||||||
for (auto* blk : deallocated_blocks)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
alloc.deallocate(blk, blk->metadata.size);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
auto cur = head;
|
|
||||||
while (cur != nullptr)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
auto* ptr = cur;
|
|
||||||
ptr->metadata.has_deallocated = true;
|
|
||||||
cur = cur->metadata.next;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
head = nullptr;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private:
|
|
||||||
struct block_t
|
|
||||||
{
|
|
||||||
struct block_metadata_t
|
|
||||||
{
|
|
||||||
blt::size_t size;
|
|
||||||
blt::size_t allocated_objects : 63;
|
|
||||||
bool has_deallocated : 1;
|
|
||||||
block_t* next;
|
|
||||||
blt::u8* offset;
|
|
||||||
} metadata;
|
|
||||||
blt::u8 buffer[8]{};
|
|
||||||
|
|
||||||
explicit block_t(blt::size_t size): metadata{size, 0, false, nullptr, nullptr}
|
|
||||||
{
|
|
||||||
reset();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void reset()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
metadata.offset = buffer;
|
|
||||||
metadata.allocated_objects = 0;
|
|
||||||
metadata.next = nullptr;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
[[nodiscard]] blt::ptrdiff_t storage_size() const noexcept
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return static_cast<blt::ptrdiff_t>(metadata.size - sizeof(typename block_t::block_metadata_t));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
[[nodiscard]] blt::ptrdiff_t used_bytes_in_block() const noexcept
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return static_cast<blt::ptrdiff_t>(metadata.offset - buffer);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
[[nodiscard]] blt::ptrdiff_t remaining_bytes_in_block() const noexcept
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return storage_size() - used_bytes_in_block();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
static inline block_t* to_block(void* p)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return reinterpret_cast<block_t*>(reinterpret_cast<std::uintptr_t>(p) & static_cast<std::uintptr_t>(~(BLT_2MB_SIZE - 1)));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void push_block(blt::size_t bytes)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
auto blk = allocate_block(bytes);
|
|
||||||
// BLT_TRACE("Allocated block %p", blk);
|
|
||||||
blk->metadata.next = head;
|
|
||||||
head = blk;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
inline block_t* allocate_block(blt::size_t bytes)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (!deallocated_blocks.empty())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
block_t* blk = deallocated_blocks.back();
|
|
||||||
deallocated_blocks.pop_back();
|
|
||||||
blk->reset();
|
|
||||||
return blk;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
auto size = align_size_to(bytes + sizeof(typename block_t::block_metadata_t), default_block_size);
|
|
||||||
auto* ptr = static_cast<block_t*>(alloc.allocate(size));
|
|
||||||
new(ptr) block_t{size};
|
|
||||||
return ptr;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private:
|
|
||||||
block_t* head = nullptr;
|
|
||||||
std::mutex mutex;
|
|
||||||
std::vector<block_t*> deallocated_blocks;
|
|
||||||
blt::size_t default_block_size;
|
|
||||||
Alloc alloc;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
template<typename T>
|
|
||||||
class tracked_allocator_t
|
|
||||||
{
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
using value_type = T;
|
|
||||||
using reference = T&;
|
|
||||||
using const_reference = const T&;
|
|
||||||
using pointer = T*;
|
|
||||||
using const_pointer = const T*;
|
|
||||||
using void_pointer = void*;
|
|
||||||
using const_void_pointer = const void*;
|
|
||||||
using difference_type = blt::ptrdiff_t;
|
|
||||||
using size_type = blt::size_t;
|
|
||||||
template<class U>
|
|
||||||
struct rebind
|
|
||||||
{
|
|
||||||
typedef tracked_allocator_t<U> other;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
pointer allocate(size_type n)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
|
||||||
tracker.allocate(n * sizeof(T));
|
|
||||||
// std::cout << "Hey our tracked allocator allocated " << (n * sizeof(T)) << " bytes!\n";
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
return static_cast<pointer>(std::malloc(n * sizeof(T)));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
pointer allocate(size_type n, const_void_pointer)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return allocate(n);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void deallocate(pointer p, size_type n)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
#ifdef BLT_TRACK_ALLOCATIONS
|
|
||||||
tracker.deallocate(n * sizeof(T));
|
|
||||||
// std::cout << "[Hey our tracked allocator deallocated " << (n * sizeof(T)) << " bytes!]\n";
|
|
||||||
#else
|
|
||||||
(void) n;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
std::free(p);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
template<class U, class... Args>
|
|
||||||
void construct(U* p, Args&& ... args)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
new(p) T(std::forward<Args>(args)...);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
template<class U>
|
|
||||||
void destroy(U* p)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
p->~T();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
[[nodiscard]] size_type max_size() const noexcept
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return std::numeric_limits<size_type>::max();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
template<class T1, class T2>
|
|
||||||
inline static bool operator==(const tracked_allocator_t<T1>& lhs, const tracked_allocator_t<T2>& rhs) noexcept
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return &lhs == &rhs;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
template<class T1, class T2>
|
|
||||||
inline static bool operator!=(const tracked_allocator_t<T1>& lhs, const tracked_allocator_t<T2>& rhs) noexcept
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return &lhs != &rhs;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
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namespace detail
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namespace detail
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{
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{
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class operator_storage_test;
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class operator_storage_test;
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||||||
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@ -60,6 +60,7 @@ namespace blt::gp
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||||||
struct point_info_t
|
struct point_info_t
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||||||
{
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{
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||||||
type_id return_type;
|
type_id return_type;
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||||||
|
operator_info_t& type_operator_info;
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||||||
};
|
};
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||||||
struct crossover_point_t
|
struct crossover_point_t
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||||||
{
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{
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||||||
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@ -83,7 +84,7 @@ namespace blt::gp
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||||||
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||||||
std::optional<crossover_t::crossover_point_t> get_crossover_point(gp_program& program, const tree_t& c1, const tree_t& c2) const;
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std::optional<crossover_t::crossover_point_t> get_crossover_point(gp_program& program, const tree_t& c1, const tree_t& c2) const;
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||||||
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||||||
static std::optional<blt::ptrdiff_t> find_place_of_type(gp_program& program, const tree_t& t, type_id type);
|
static std::optional<point_info_t> find_place_of_type(gp_program& program, const tree_t& t, type_id type);
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||||||
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||||||
/**
|
/**
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||||||
* child1 and child2 are copies of the parents, the result of selecting a crossover point and performing standard subtree crossover.
|
* child1 and child2 are copies of the parents, the result of selecting a crossover point and performing standard subtree crossover.
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||||||
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@ -116,9 +116,10 @@ namespace blt::gp
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||||||
return values;
|
return values;
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||||||
}
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}
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||||||
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||||||
evaluation_context& evaluate(void* context) const
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template<typename T, std::enable_if_t<!std::is_pointer_v<T>, bool> = true>
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||||||
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[[nodiscard]] evaluation_context& evaluate(const T& context) const
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||||||
{
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{
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||||||
return (*func)(*this, context);
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return (*func)(*this, const_cast<void*>(static_cast<const void*>(&context)));
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||||||
}
|
}
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||||||
|
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||||||
blt::size_t get_depth(gp_program& program);
|
blt::size_t get_depth(gp_program& program);
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||||||
|
@ -144,11 +145,10 @@ namespace blt::gp
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||||||
/**
|
/**
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||||||
* Helper template for returning the result of evaluation (this calls it)
|
* Helper template for returning the result of evaluation (this calls it)
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||||||
*/
|
*/
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||||||
template<typename T>
|
template<typename T, typename Context>
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||||||
T get_evaluation_value(void* context)
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T get_evaluation_value(const Context& context)
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||||||
{
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{
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||||||
auto& results = evaluate(context);
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return evaluate(context).values.template pop<T>();
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||||||
return results.values.pop<T>();
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|
||||||
}
|
}
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||||||
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||||||
void print(gp_program& program, std::ostream& output, bool print_literals = true, bool pretty_indent = false,
|
void print(gp_program& program, std::ostream& output, bool print_literals = true, bool pretty_indent = false,
|
||||||
|
|
|
@ -211,12 +211,12 @@ namespace blt::gp
|
||||||
return crossover_point_t{static_cast<blt::ptrdiff_t>(crossover_point), static_cast<blt::ptrdiff_t>(attempted_point)};
|
return crossover_point_t{static_cast<blt::ptrdiff_t>(crossover_point), static_cast<blt::ptrdiff_t>(attempted_point)};
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
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||||||
std::optional<blt::ptrdiff_t> crossover_t::find_place_of_type(gp_program& program, const tree_t& t, type_id type)
|
std::optional<crossover_t::point_info_t> crossover_t::find_place_of_type(gp_program& program, const tree_t& t, type_id type)
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||||||
{
|
{
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||||||
auto attempted_point = program.get_random().get_size_t(1ul, t.get_operations().size());
|
auto attempted_point = program.get_random().get_size_t(1ul, t.get_operations().size());
|
||||||
auto& attempted_point_type = program.get_operator_info(t.get_operations()[attempted_point].id);
|
auto& attempted_point_type = program.get_operator_info(t.get_operations()[attempted_point].id);
|
||||||
if (type == attempted_point_type.return_type)
|
if (type == attempted_point_type.return_type)
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||||||
return {attempted_point};
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return {{attempted_point, attempted_point_type}};
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||||||
return {};
|
return {};
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||||||
}
|
}
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||||||
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||||||
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